住宅ローンを完済しても、抵当権の登記は自動的には消えないため、抹消登記を申請する必要があります。
ところが、土地と建物にそれぞれ複数の抵当権が付いている場合、一括で抹消登記ができるかどうかが問題になります。
この記事では、登記研究・法務省通達を参照しながら、抵当権の一括抹消登記のルールを整理します。
司法書士・登記実務者の方だけでなく、不動産オーナーや住宅ローンを完済された方にも分かりやすく解説します。
一括申請とは？法的な根拠
登記は原則として、登記の目的及び登記原因に応じ、一の不動産ごとに申請情報を作成する必要があります（不動産登記令第4条本文）。
しかし、同条ただし書で例外が認められています。
「同一の登記所の管轄区域内にある二以上の不動産について申請する登記の目的並びに登記原因及びその日付が同一であるとき、その他法務省令で定めるときは、この限りでない。」
この「その他法務省令」とは、不動産登記規則第35条を指します。一括抹消登記に関わる規定は、大きく分けて2つあります。
①同一の不動産に複数の登記をする場合（規則35条9号）
「同一の不動産について申請する二以上の権利に関する登記（前号の登記を除く。）の登記の目的並びに登記原因及びその日付が同一であるとき。」（規則35条9号）
同じ不動産に設定されている複数の抵当権を、まとめて抹消する場合の根拠になります。登記の目的・登記原因及びその日付が同一であれば、抵当権者や担保している債権が別々の抵当権でもまとめて申請できます。
②複数の不動産にまたがる場合（規則35条10号）
「同一の登記所の管轄区域内にある二以上の不動産について申請する登記が、同一の債権を担保する先取特権、質権又は抵当権に関する登記であって、登記の目的が同一であるとき。」
土地と建物など、複数の不動産に共同で設定された抵当権（共同抵当）をまとめて抹消する場合の根拠になります。こちらは「登記の目的が同一」であることに加え、「同一の債権を担保している」ことが要件です。9号のように「登記原因及びその日付が同一」であることまでは、条文上求められていません。
つまり、一括申請には大きく分けて2つのパターンがあります。以下、それぞれについて、実際の先例（登記研究）を確認しながら整理していきます。
パターンA：同一の不動産に複数の抵当権がある場合（規則35条9号）
参考となるのが、以下の先例です。
同一不動産上に設定された債権者を同じくする数個の抵当権の登記の抹消を申請する場合、登記原因及びその日付が同一であるときは、同一の申請書ですることができる。（登研４０１号）
同じ抵当権者のために設定された抵当権であれば、「1番抵当」「2番抵当」など順位が異なっていても問題ありません。この場合、担保している債権（借入）が別々であっても一括抹消できます。ただし、抹消の登記原因及びその日付が同一であることが条件です。
なお、「完済した日」と「登記原因の日付」は、弁済が原因の場合は一致しますが、解除など他の原因による場合は必ずしも一致しない点に注意してください。
また、同じ債権者が同一不動産に抵当権と根抵当権を設定しており、同日に解除した場合にも、一件の申請で両方をまとめて抹消することができます。
一個の不動産につき同一の権利者のためにされた数個の抵当権および根抵当権の設定の登記を抹消する場合において、抹消の原因およびその日付が同一であれば、同一の申請書で抹消の登記を申請することができる。（登記研究434号）
債権者が異なる場合は、抵当権抹消の登記原因や日付が同一であっても、まとめて抹消することはできません。
同一不動産上に設定された、債務者を同じくし、抵当権者を異にする数個の抵当権の登記の抹消を申請する場合、登記原因及びその日付が同一であっても、同一の申請書ですることはできない。（登研421号107頁）
住宅金融支援機構と銀行の両方で借り入れがあるようなケースでは、別々に申請する必要があります。
パターンB：複数の不動産にまたがる場合（規則35条10号・共同抵当）
同一の債権を担保する共同抵当権であれば、各不動産の所有者（設定者）が異なっていても、一括して抹消できることがあります。
登記研究558号は次のように示しています。
甲所有のA・B物件を共同担保として抵当権設定登記をした後、B物件につき乙に所有権移転がされている場合であっても、同一原因による当該抵当権の抹消は、甲及び乙を登記権利者として同一申請書で申請することができる。
つまり、同一の債権を担保している場合に限り、所有者が異なっていても一括抹消が可能です。
ただし、申請人は全所有者を登記権利者として連名で記載する必要があります。
なお、根抵当権の設定仮登記についてはこの例外は適用されません。
登記研究594号では次のようにされています。
設定者を異にする根抵当権設定仮登記の抹消の申請は、根抵当権者及び抹消の原因が同一であっても、同一の申請書で申請することはできない。
根抵当権を抹消する際の注意点
ここまでの内容は、抵当権と根抵当権のどちらにもおおむね共通しますが、一点だけ大きな違いがあります。
普通抵当権は、担保している借入を完済すれば、その時点で権利が消滅します（付従性）。しかし根抵当権は、一定の範囲に属する不特定の債権を極度額の限度で担保する仕組みのため（民法398条の2）、元本確定前は、その時点で存在する借入を全額返済しただけでは当然には消滅しません。
根抵当権を「完済したので抹消したい」というご相談の場合、まず元本が確定しているか、解除など他の手続きが必要かを、あわせて確認する必要があります。
抵当権抹消登記の登録免許税
住宅ローンを借り換えた場合や、複数のローンを完済した際、不動産には複数の抵当権が設定されていることがあります。この場合、「2つの抵当権を1回の申請でまとめて抹消できるか？」というご質問をよくいただきます。
結論から申し上げますと、一括して抹消申請を行うことが可能です。
別々に申請することもできますが、1件にまとめることで登録免許税（印紙代）を節約できるというメリットがあります。抵当権抹消の登録免許税は「不動産1個につき1,000円」です（同一の申請で抹消する不動産が20個を超える場合は、1申請につき一律20,000円になります）。
例えば、同じ土地と建物の両方に1番抵当権・2番抵当権の合計2つの抵当権が設定されていて、これをまとめて抹消する場合、費用は以下のようになります。
- 一括申請の場合： 2,000円（申請1件×不動産2個）
- 別々に申請する場合： 4,000円（申請2件×不動産2個）
差額は2,000円ですが、手間も費用も抑えられる「一括申請」が断然おすすめです。申請書の作成枚数も減り、手続きがスムーズに進みます。
実務での判断ポイントとまとめ
抵当権の一括抹消が可能かどうかは、次のような点を確認して判断します。
- 抹消する権利が、どの不動産を目的としているか（同一不動産内の複数抵当権か、複数不動産にまたがる共同抵当か）
- 登記の目的・登記原因及びその日付が同一であるか（同一不動産の場合）
- 同一の債権を担保しているか（複数不動産にまたがる場合）
- 抵当権者（登記義務者）が同一であるか
- 所有者（登記権利者）が異なる場合は、全員を申請人として連名にできるか
これらを確認したうえで、規則35条9号・10号のいずれか（または両方）の要件を満たしていれば、一括抹消登記が可能です。
逆に、抵当権者が異なる場合などは、別々の申請が必要になります。
まとめ
抵当権の抹消登記は、原則として「1不動産ごと」の申請ですが、同一不動産内の複数の抵当権であれば規則35条9号、複数の不動産にまたがる共同抵当であれば規則35条10号の要件を満たすことで、一括申請が認められます。
登記研究や通達の解釈を踏まえると、同一銀行が同日付で解除した抵当権は、一件で抹消申請できるのが実務上の運用です。
登録免許税も節約でき、手続きの効率化につながります。
一方で、抵当権者が異なるケースなどでは、一括申請はできません。
個別に判断が必要な場合は、登記研究や法務省通達を確認するか、司法書士に相談するのが安心です。
あわせて知っておきたい実務ポイント
共有不動産の場合
抹消する不動産が共有名義になっている場合、抵当権の抹消登記は「保存行為」として、共有者の1人から単独で申請できることがあります。
抵当権者が合併している場合
抵当権が消滅する前に、抵当権者である金融機関が別の金融機関に合併されていた場合は、原則として先に合併による抵当権移転登記を行ってから抹消登記を申請します。
一方、抵当権が消滅した後に合併があった場合は、移転登記を経ずに、合併後の承継会社が登記義務者として抹消登記を申請できます。
所有者の住所・氏名が変わっている場合（2026年4月〜）
2026年4月1日から、所有権の登記名義人の住所・氏名変更登記が義務化されています。抵当権抹消登記の前提として、現在の所有者の住所・氏名が登記簿の記載と一致している必要があるため、一致していない場合は、先に住所・氏名変更登記を行う必要があります。
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ご興味のある方は、ぜひ併せてご覧ください。
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