清算結了とは?会社清算の流れ・登録免許税と、清算結了後に財産が見つかった場合の対応【西宮の司法書士が解説】

※本記事は2026年10月時点の法令にもとづいて解説しています。

会社をたたむときには、「解散」「清算」「清算結了」という言葉が出てきます。似た言葉ですが、意味も順番も違います。

この記事では、まず「清算結了とは何か」にお答えしたうえで、通常の清算の流れと費用、そして清算結了の登記を済ませた後に会社名義の預金や不動産が見つかった場合の対応まで、順番にお話しします。

目次

先に結論:清算結了とは、会社の後始末がすべて終わり、会社がなくなることです

  • 清算結了とは、解散した会社が、借金の支払いと、残った財産の株主への分配をすべて終え、決算報告が株主総会で承認された状態をいいます。ここで会社はなくなります
  • 決算報告の承認の日から2週間以内に、清算結了の登記をします(会社法929条)。登記をすると、会社の登記記録は閉鎖されます
  • 通常の清算は「解散の決議と清算人の選任 → 官報公告(2か月以上)→ 支払いと分配 → 決算報告の承認 → 清算結了の登記」の順に進みます。早くても解散から2か月あまりかかります
  • 登録免許税は、解散の登記3万円、清算人の登記9千円、清算結了の登記2千円です
  • 清算結了の登記の後に財産が見つかったときは、清算はまだ終わっていなかったと考えます。清算結了の登記を抹消して登記記録を回復し、清算人が残りの財産を整理してから、もう一度清算結了の登記をします

1. 清算結了とは?「解散」「清算」との違い

3つの言葉の意味

言葉意味
解散会社をたたむと決めること。営業をやめ、後始末(清算)に入ります
清算取引を終わらせ、財産をお金に換え、借金を払い、残りを株主に分ける手続き
清算結了清算がすべて終わり、決算報告が株主総会で承認されること。ここで会社がなくなります

会社は、解散してもすぐには消えません。解散した株式会社は「清算株式会社」と呼ばれ、清算の目的の範囲内で、清算が結了するまでは存続するものとみなされます(会社法476条)。この間、会社を動かすのは取締役ではなく「清算人」です。

清算結了の登記

清算が結了したら、決算報告を承認した日から2週間以内に、本店の所在地を管轄する法務局で清算結了の登記をします(会社法929条1号)。申請書には、決算報告の承認があったことを証する書面(株主総会の議事録)をつけます(商業登記法75条)。

清算結了の登記をすると、その会社の登記記録は閉鎖されます(商業登記規則80条)。閉鎖された後の記録は、「閉鎖事項証明書」で確かめることができます。

ここで押さえておきたいのは、順番です。「清算結了の登記をしたから会社がなくなる」のではありません。「清算が本当に終わったから会社がなくなり、その事実を登記する」という順番です。この考え方は、6章の「清算結了後に財産が見つかった場合」で大切になります。

2. 会社をたたむ方法は3つ:通常清算・特別清算・破産

方法使う場面特徴
通常清算会社の財産で借金を全部払える場合清算人が自分で進めます。裁判所は関わりません
特別清算清算中の株式会社で、清算を進めるのに大きな支障がある場合や、債務超過の疑いがある場合裁判所の命令で始まり、裁判所の監督のもとで進めます(会社法510条)
破産借金を払いきれない場合裁判所が選ぶ破産管財人が財産を整理します

通常清算の途中で、会社の財産では借金を払いきれないことがはっきりしたときは、清算人は直ちに破産手続開始の申立てをしなければなりません(会社法484条1項)。

この記事では、中小企業で使われることの多い通常清算を中心に説明します。

なお、最後の登記から12年たった株式会社は、法務大臣の官報公告から2か月以内に「事業を廃止していない」旨の届出などをしないと、解散したものとみなされます(会社法472条)。この場合も、会社をきちんと終えるには清算の手続きが必要です。

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休眠会社のみなし解散とは?12年登記のない会社に届く通知と2か月以内の届出、会社の継続、登記懈怠の過... 最後の登記から12年たった株式会社は、法務大臣の公告から2か月以内に届出か登記をしないと、解散したものとみなされます。2026年の日程、届出の書き方、3年以内の会社の継続、登記懈怠の過料、役員の任期と重任の登記の大切さを司法書士が解説します。

3. 通常清算の流れ

ステップ1 株主総会で解散を決め、清算人を決める

株主総会の特別決議で解散を決めます(会社法471条3号・309条2項11号)。

清算人(会社の後始末をする人)は、次のように決まります(会社法478条1項)。

  1. 定款で決めた人がいれば、その人
  2. 株主総会で選んだ人がいれば、その人
  3. どちらもなければ、それまでの取締役

それまでの代表取締役を、そのまま清算人に選ぶこともできます。清算人になる人がいないときは、利害関係人の申立てにより、裁判所が清算人を選びます(同条2項)。

ステップ2 解散と清算人の登記(2週間以内)

解散の日から2週間以内に、本店の所在地で解散の登記と清算人の登記を申請します(会社法926条・928条)。2つの登記は、まとめて申請することができます。

ステップ3 財産を調べ、債権者に知らせる(官報公告2か月以上)

清算人は、就任したらすぐに会社の財産の状況を調べ、財産目録と貸借対照表を作って、株主総会の承認を受けます(会社法492条)。

あわせて、債権者に対して「一定の期間内に債権を申し出てください」と官報に公告し、分かっている債権者には一人ひとりに知らせます。この期間は2か月以上にしなければなりません(会社法499条1項)。公告には、期間内に申し出ないと清算から除かれることも書きます(同条2項)。この公告は、定款で決めた公告方法(電子公告など)にかかわらず、官報で行います。

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ステップ4 借金を払い、残った財産を株主に分ける

申出の期間中は、原則として借金の支払いができません(会社法500条1項)。期間が終わったら借金を払い、そのあとで残った財産(残余財産)を株主に分けます。借金を払う前に株主へ分けることはできません(会社法502条)。分け方は、原則として持っている株式の数に応じます(会社法504条3項)。

残余財産のうち、出資した額(資本金等の額)を超える部分は、税金の上では配当とみなされます(所得税法25条1項4号)。この部分には源泉徴収が必要になる場合があります。税金の扱いは、分ける前に税理士に確かめてください。

ステップ5 決算報告の承認と清算結了の登記

清算の事務が終わったら、清算人は決算報告を作り、株主総会の承認を受けます(会社法507条)。承認の日から2週間以内に清算結了の登記をして、手続きは終わりです(会社法929条1号)。

清算人は、清算結了の登記の時から10年間、会社の帳簿と、事業や清算に関する重要な資料を保存します(会社法508条1項)。

申出の期間(2か月以上)が終わらないと借金の支払いも分配もできないため、清算結了は、早くても解散から2か月あまり後になります。財産の売却や売掛金の回収に時間がかかれば、その分長くなります。

税金の申告も続きます

解散した後も、会社の法人税などの申告は続きます。解散の前と後で申告の区切りや期限が変わるため、解散を決める前に、税理士と段取りを決めておくと安心です。

4. 登記にかかる費用(登録免許税)

登記登録免許税根拠(登録免許税法 別表第一24号)
解散の登記3万円(一)レ
清算人の登記9千円(三)イ
清算結了の登記2千円(三)ハ

解散と清算人の登記をまとめて申請すると3万9千円、最後の清算結了の登記が2千円です。このほか、官報公告の掲載料がかかります(公告の行数によって変わります)。専門家に頼む場合は、その報酬もかかります。

5. 清算でつまずきやすい所

会社名義の財産の洗い出し漏れ

清算結了の後に財産が見つかるのは、清算のときの洗い出し漏れが原因のことがあります。次のような財産を確かめておきます。

  • 普段使っていない預金口座(休眠している口座を含む)
  • 不動産(私道の持分、共有の土地、昔の社宅や倉庫など)
  • 保険、出資金、保証金や敷金、税金の還付金、売掛金

会社名義の不動産は、2026年2月2日に始まった「所有不動産記録証明制度」で、法務局に一覧を証明してもらうこともできます。法人も請求できます。ただし、登記簿に記録された名称・住所と一致するものだけが対象になるため、本店を移した会社は、昔の本店でも確かめておきます。

一部の債権者だけに先に払う

申出の期間中は、原則として借金を払えません(会社法500条1項)。特定の取引先にだけ先に払うと、ほかの債権者との間で問題になります。払う順番と記録は、清算人が整えておきます。

6. 清算結了の登記の後に財産が見つかった場合

会社は、まだなくなっていなかったと考えます

清算結了の登記を済ませた後で、会社名義の預金口座や、名義を変えていない土地が見つかることがあります。

会社法476条は、清算株式会社は「清算が結了するまでは」なお存続するものとみなす、と定めています。処理すべき財産が残っていたのなら、清算はまだ終わっておらず、会社は清算の目的の範囲でなお存続している、と考えられています。古い判例(大審院大正5年3月17日判決)も、この考え方を示したものとして引かれています。

税金の上でも、清算結了の登記をした場合でも清算の結了は実質で判断し、法人税を納める義務を果たすまでは会社はなお存続するとされています(法人税基本通達1-1-7)。

手続きの流れ

  1. 見つかった財産を確かめる:通帳の写し、不動産の登記事項証明書、保険証券の写しなどを集めます
  2. 清算人を確かめる:清算は終わっていなかったので、それまでの清算人が引き続き手続きをします。清算人が亡くなっている場合は、7章をご覧ください
  3. 清算結了の登記の抹消を申請し、登記記録を回復する:登記された事項に無効の原因があるときは、その登記の抹消を申請できます(商業登記法134条1項2号)。閉鎖された登記記録は、復活されます(商業登記規則45条)
  4. 清算人が財産を整理する:預金の払戻しや不動産の売却などをして、残りを株主に分けます
  5. もう一度、清算結了の登記をする:決算報告を株主総会で承認し、2週間以内に清算結了の登記をします

京都地方法務局が公開している記載例では、清算結了の登記の抹消は次のようになっています。

項目記載例の内容
申請する人会社(代表清算人)
登記の事由登記事項不存在による抹消
登記すべき事項令和◯年◯月◯日登記した清算結了の登記の抹消
登録免許税6,000円
添付書類上申書(清算結了の登記を抹消する理由を書いたもの)と、財産が残っていることが分かる書面(不動産の登記事項証明書、預金通帳の写し、保険証券の写しなど)

細かい書き方や添付書類は、管轄の法務局によって案内が違うことがあります。申請の前に、本店の所在地を管轄する法務局に確かめてください。

預金が見つかった場合

銀行で会社の預金を払い戻すときは、会社の代表者(清算人)が誰かを登記事項証明書で示すのが通常です。そのため、先に登記記録を回復しておくことになります。必要な書類は銀行ごとに違うので、事前に確かめてください。

最後の取引から10年以上たった預金は、「休眠預金」として預金保険機構に移されることがあります(2009年1月1日以降に最後の取引があった預金が対象)。移された後も、取引のあった金融機関で引き出すことができます。

不動産が見つかった場合

清算中に処分していなかった不動産が見つかったときは、上の流れで登記記録を回復し、清算人が売却などをします。

一方、清算中に売却などは済んでいて、名義を移す登記だけが残っていた場合は、清算結了の登記を抹消せずに、清算結了前の清算人が登記の手続きをする扱いがあるとされています。どちらに当たるかで手続きが変わるため、売買契約書などの資料をそろえてご相談ください。

7. 清算人が亡くなっている場合

清算結了の後に財産が見つかったのに、清算人がすでに亡くなっていることもあります。

株主総会で新しい清算人を選ぶ

株主総会が開ければ、新しい清算人を選びます(会社法478条1項3号)。京都地方法務局の記載例では、清算人が亡くなって新しい清算人を選んだ場合の変更の登記は、登録免許税6,000円で、株主総会議事録、株主リスト、就任承諾書、死亡を証する書面をつけます。

清算結了の登記を抹消する場合は、この清算人の変更の登記とあわせて進めることになります。申請の順番や添付書類は、事前に管轄の法務局と打ち合わせておきます。

株主も亡くなっている場合(一人会社など)

一人で株主と社長を兼ねていた会社では、株主も清算人も同じ人です。その方が亡くなっていると、株式は相続人に引き継がれます。相続人が複数いて株式が共有になっているときは、株主としての権利を行使する人を1人決めて、会社に通知します(会社法106条)。そのうえで、相続人が株主として総会を開き、清算人を選びます。

なお、残余財産は株主に分けるものなので、一人会社であれば、残った財産はその株主(亡くなっていればその相続人)に渡ることになります。

株主総会が開けない場合は、裁判所に選んでもらう

株主が分からない、連絡がつかないなどで総会が開けない場合は、利害関係人(相続人や債権者など)が、本店の所在地を管轄する地方裁判所に清算人の選任を申し立てることができます(会社法478条2項・868条1項)。昭和38年の登記先例でも、この扱いが示されているとされています。

裁判所が選んだ清算人の登記には、選任を証する書面をつけます(商業登記法73条3項)。

8. 何から始めればいい?清算の進め方

  1. 会社の資料を集める:登記事項証明書(閉鎖していれば閉鎖事項証明書)、定款、株主名簿、決算書
  2. 財産と借金を洗い出す:通帳、固定資産税の通知書、保険証券、契約書。不動産は所有不動産記録証明も使えます
  3. 税理士と段取りを決める:解散の日、申告の時期、残余財産の分け方
  4. 株主総会で解散と清算人を決め、2週間以内に登記する
  5. 官報公告と債権者への通知(2か月以上)
  6. 支払い・分配、決算報告の承認、清算結了の登記
  7. 資料を10年間保存する

清算結了の後に財産が見つかった場合は、1と2で財産の資料と清算人の状況を確かめてから、登記記録の回復に進みます。

よくある質問

清算結了とは何ですか?

解散した会社が、借金の支払いと残った財産の株主への分配をすべて終え、決算報告が株主総会で承認された状態のことです。ここで会社はなくなり、承認の日から2週間以内に清算結了の登記をします(会社法507条・929条)。

清算結了の登記の後に残余財産が見つかったら、どうなりますか?

清算はまだ終わっていなかったと考えられ、会社は清算の目的の範囲でなお存続しているとされます。清算結了の登記を抹消して登記記録を回復し、清算人が財産を整理してから、もう一度清算結了の登記をします。

閉鎖された会社の登記を復活させることはできますか?

清算結了の登記の後に財産が見つかった場合などは、清算結了の登記の抹消を申請すると、閉鎖された登記記録が復活します(商業登記法134条、商業登記規則45条)。京都地方法務局の記載例では、登録免許税は6,000円です。

一人で経営している会社を解散すると、会社の財産はどうなりますか?

借金を払った後に残った財産は、株主に分けます。株主がご本人1人なら、ご本人が受け取ります。出資した額を超える部分は配当とみなされて税金がかかる場合があるので、分ける前に税理士に確かめてください。

清算人とは誰ですか?亡くなっていたらどうしますか?

清算人は、解散した会社の後始末をする人です。定款や株主総会で決めた人、どちらもなければそれまでの取締役がなります(会社法478条1項)。亡くなっていれば株主総会で新しい清算人を選び、総会が開けなければ、相続人や債権者などが地方裁判所に選任を申し立てます(同条2項)。

まとめ

清算結了とは、会社の後始末がすべて終わり、会社がなくなることです。通常の清算は、解散の決議と清算人の選任、2か月以上の官報公告、支払いと分配、決算報告の承認を経て、清算結了の登記で終わります。

大切なのは、登記よりも「清算が本当に終わったか」が先だということです。清算結了の登記の後に財産が見つかっても、清算結了の登記を抹消して登記記録を回復し、清算人を立て直せば、残りの整理を進めることができます。清算のときに財産をきちんと洗い出しておくことが、いちばんの予防になります。

会社の解散・清算や、清算結了の後に見つかった財産の整理のご相談は、西宮北口のシアエスト司法書士・行政書士事務所でもお受けしています。閉鎖事項証明書や会社の資料を見ながら、何から手をつければよいかを一緒に整理します。

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出典・参考

  • 会社法 106条・309条・471条・472条・476条・478条・484条・492条・499条・500条・502条・504条・507条・508条・510条・868条・926条・928条・929条(e-Gov法令検索)
  • 商業登記法 73条・75条・134条、商業登記規則 45条・80条(e-Gov法令検索)
  • 登録免許税法 別表第一 24号(e-Gov法令検索)
  • 所得税法 25条(e-Gov法令検索)
  • 国税庁 法人税基本通達 1-1-7(清算結了の登記をした場合の納税義務等)
  • 京都地方法務局「商業・法人登記の申請書様式」(株式会社清算結了登記抹消登記申請書・株式会社清算人変更登記申請書の記載例)https://houmukyoku.moj.go.jp/kyoto/page000001_00732.html
  • 法務省「所有不動産記録証明制度について」https://www.moj.go.jp/MINJI/minji05_00740.html
  • 大審院 大正5年3月17日判決
代表司法書士・行政書士 今井 康介

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