合同会社の運営で知っておきたいこと|業務執行社員と代表社員、定款変更は総社員の同意、社員の退社と払戻し、2週間以内の変更登記【西宮の司法書士が解説】

※本記事は2026年10月時点の法令にもとづいて解説しています。

「家族で合同会社を作って数年。代表社員を交代したいけれど、誰が何を決めて、どこに届け出ればよいのだろう」
「一緒に出資した仲間が抜けたいと言っている。出したお金は返さないといけないのだろうか」

合同会社は、設立の費用をおさえやすく、運営の自由度が高い会社です。その一方で、株式会社とは決まりが違うところが多く、「株主総会」や「取締役」のつもりで考えていると、思わぬところでつまずくことがあります。

この記事では、設立した後の合同会社の運営に話をしぼって、業務を決める人と会社を代表する人、定款の変更、社員の加入・退社、利益の配当、株式会社との違い、登記が必要な場面を順にお話しします。代表社員を複数置くときの定款の決め方、出資金と資本金の関係は、それぞれ別の記事でくわしく説明していますので、本文の中でご案内します。

目次

先に結論:合同会社は「社員(出資者)が自分たちで決める」会社です

  • 合同会社の「社員」は従業員ではなく出資者です。社員は原則として全員が業務を執行し、社員が2人以上いれば、業務は社員の過半数で決めます(会社法590条)
  • 定款で業務執行社員を決めることができます。会社を代表するのは原則として業務執行社員で、定款や社員の互選で代表社員を決めることもできます(会社法591条・599条)
  • 定款の変更は、定款に別の定めがなければ総社員の同意が必要です(会社法637条)。社員の加入も、定款の変更によって行います(会社法604条)
  • 役員の任期や決算公告の決まりはありません。ただし、計算書類を毎年作って10年間保存する義務はあります(会社法617条)
  • 代表社員の氏名・住所、本店、目的などの登記事項が変わったら、2週間以内に変更の登記が必要です(会社法915条1項)。怠ると100万円以下の過料の対象になります(会社法976条1号)

1. 合同会社のしくみと「社員」の意味

社員=出資者。全員が有限責任です

合同会社は、合名会社・合資会社と同じ「持分会社」の一つです。合同会社の定款には、社員の全部を有限責任社員とする旨を記載します(会社法576条4項)。

有限責任社員は、出資の価額(すでに会社に払い込んだ分を除きます)を限度として、会社の債務を弁済する責任を負います(会社法580条2項)。合同会社では、社員になろうとする人は、設立の登記をする時までに出資の全額を払い込むことになっています(会社法578条)。このため、社員が出資した額を超えて会社の借金の責任を負うことは、原則としてありません。

ここでいう「社員」は、会社に勤める従業員ではなく、会社にお金などを出した出資者のことです。株式会社でいえば株主にあたりますが、出資者がそのまま経営も担う点が大きく違います。なお、社員が会社の借入れの連帯保証人になっている場合は、保証人として個人で返済する責任を負います。

合同会社が向いている場面

出資する人と経営する人が同じ会社に向いており、家族で営む事業、ひとりで始める事業、資産を管理する会社などで選ばれることがあります。新しく設立される会社のうち、合同会社はおよそ3割を占めるようになっています。一方で、株式を発行して広く出資を募ることや、株式の上場はできません。

2. 業務を決める人:業務執行社員

原則は社員全員。2人以上なら過半数で決めます

定款に別の定めがなければ、社員は全員が会社の業務を執行します(会社法590条1項)。社員が2人以上いる場合は、会社の業務は社員の過半数で決めます(同条2項)。ふだんの細かな業務(常務)は、各社員が単独で行うことができますが、終わる前に他の社員が異議を述べたときは、単独では行えません(同条3項)。

ここで注意したいのは、出資の額ではなく「人数」で決まる点です。たとえば、Aさんが600万円、Bさんが300万円、Cさんが100万円を出資している会社でも、定款に別の定めがなければ、Aさんが反対していても、BさんとCさんが賛成すれば過半数で決まります。

出資の多い人の意見を重くしたい場合は、定款で決め方を定めておく必要があります。

定款で業務執行社員を決めた場合

定款で、一部の社員だけを業務執行社員と定めることもできます。この場合、業務執行社員が2人以上いれば、会社の業務は業務執行社員の過半数で決めます(会社法591条1項)。業務執行社員ではない社員も、会社の業務や財産の状況を調べることができます(会社法592条1項)。

業務執行社員の義務

業務執行社員は、株式会社の取締役と似た義務を負います。

義務内容条文
善管注意義務・忠実義務注意を尽くし、法令と定款を守って、会社のために職務を行う会社法593条1項・2項
報告の義務会社や他の社員から求められたら、職務の状況を報告する会社法593条3項
競業の制限会社と同じ種類の取引などをするには、他の社員全員の承認が必要(定款で別の定めも可)会社法594条
利益相反取引の制限自分と会社との取引などをするには、他の社員の過半数の承認が必要(定款で別の定めも可)会社法595条

業務執行社員の辞任と解任

定款で業務執行社員を定めた場合、その社員は、正当な事由がなければ辞任できません(会社法591条4項)。解任も、正当な事由がある場合に限り、他の社員の一致によって行います(同条5項)。どちらも、定款で別の定めをすることができます(同条6項)。

他の社員全員の一致が得られない場合でも、業務執行社員が業務を執行し、または会社を代表することに著しく不適任なときなどは、会社は、他の社員の過半数の決議にもとづいて、裁判所に、業務を執行する権利や代表権の消滅を求める訴えを起こすことができます(会社法860条)。

3. 会社を代表する人:代表社員

原則は、業務執行社員がそれぞれ代表します

業務執行社員は、会社を代表します。業務執行社員が2人以上いる場合は、それぞれが会社を代表します(会社法599条1項・2項)。

代表社員を決める方法

代表する人をしぼりたいときは、定款で直接決めるか、定款の定めにもとづいて業務執行社員の中から互選で決めることで、代表社員を定めることができます(会社法599条3項)。

代表社員は、会社の業務に関する一切の裁判上・裁判外の行為をする権限を持ちます(同条4項)。株式会社の「代表取締役」にあたり、登記簿にも氏名(法人の場合は名称)と住所が載ります(会社法914条7号)。代表社員を複数置く場合の定款の決め方や、定款に書かなければならないことは、次の記事で説明しています。

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4. 法人が代表社員になるとき:職務執行者

合同会社では、ほかの会社などの法人も、業務執行社員や代表社員になることができます。法人が業務執行社員になる場合、その法人は、実際に職務を行う人(職務執行者)を選び、その人の氏名と住所を他の社員に知らせなければなりません(会社法598条1項)。職務執行者にも、業務執行社員と同じ義務の決まり(善管注意義務・競業の制限など)が当てはまります(同条2項)。

代表社員が法人のときは、職務執行者の氏名と住所も登記事項です(会社法914条8号)。この登記を申請するときは、次のような書面を添付します(商業登記法118条・94条2号)。

  • その法人の登記事項証明書(その法人の本店が同じ登記所の管轄内にある場合を除きます)
  • 職務執行者を選んだことが分かる書面
  • 職務執行者が就任を承諾したことを証する書面

職務執行者を交代したときや、職務執行者の住所が変わったときも、変更の登記が必要です。

5. 定款の変更は、原則「総社員の同意」

合同会社の定款は、定款に別の定めがなければ、総社員の同意によって変更します(会社法637条)。株式会社のように「株主総会の特別決議(3分の2以上の賛成)」で変えるのではなく、社員が一人でも反対すれば変えられないのが原則です。

社員が増えると全員の同意をとるのが難しくなるため、「定款の変更は総社員の過半数の同意で行う」といった別の定めを置いておく会社もあります。商号や目的など登記事項にかかわる定款の変更をしたときは、総社員の同意などがあったことを証する書面を添付して、変更の登記を申請します(商業登記法118条・93条)。定款を作るとき・見直すときの注意点は、3章でご紹介した記事にまとめています。

6. 社員の加入・退社と持分の払戻し

社員の加入

新しく社員を加えるには、その社員についての定款の変更をします(定款に別の定めがなければ総社員の同意)。加入の効力は定款の変更をした時に生じるのが原則ですが(会社法604条2項)、合同会社では、出資の払込み・給付を全部終えた時に社員になります(同条3項)。新しい社員が業務執行社員になる場合や、出資を受けて資本金を増やした場合は、その登記が必要です。

社員の退社

社員が会社を抜けることを「退社」といいます。退社には、本人の意思による「任意退社」と、法律で定められた事由による「法定退社」があります。

退社の種類内容条文
任意退社存続期間を定めていない会社などでは、6か月前までに予告して、事業年度の終わりに退社できる(定款で別の定めも可)。やむを得ない事由があれば、いつでも退社できる会社法606条
法定退社定款で定めた事由の発生、総社員の同意、死亡、破産手続開始の決定、除名など会社法607条1項

退社した社員が業務執行社員や代表社員だった場合は、退社による変更の登記が必要です。

持分の払戻し

退社した社員は、持分の払戻しを受けることができます(会社法611条1項)。計算は退社の時の会社の財産の状況にしたがって行い(同条2項)、金銭で払い戻すことができます(同条3項)。払い戻す額は「出資した額」そのままとは限らず、増えることも減ることもあります。

また、払い戻す額が会社の剰余金の額を超える場合は、会社の債権者が異議を述べることができ、会社は、官報への公告と、知れている債権者への個別の催告をしなければなりません(会社法635条1項・2項)。払戻しの額によっては、会社の資金繰りに大きく響くこともあります。社員が抜けるときの扱いは、できれば設立のときから話し合っておくと安心です。

なお、社員のまま出資したお金を返してもらう「出資の払戻し」は、合同会社では、定款を変更して出資の価額を減らす場合に限られ、払い戻せる額にも制限があります(会社法632条)。出資金と資本金の関係や増資については、次の記事で説明しています。

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社員が亡くなったとき

社員が亡くなると、その社員は退社します(会社法607条1項3号)。相続人がそのまま社員になるわけではなく、定款に「社員が死亡したときは、相続人が持分を承継する」旨の定めがある場合に限って、相続人が社員になります(会社法608条1項・2項)。定めがなければ、相続人は、持分の払戻しを受ける権利を相続することになります(会社法611条1項)。

特に注意したいのは、社員が1人だけの合同会社です。社員が欠けると、会社は解散します(会社法641条4号)。ひとりで経営している合同会社や、高齢の親が唯一の社員になっている合同会社では、定款に相続人が持分を承継する定めがあるかを確かめておくと安心です。定めがない場合は、元気なうちに定款の変更を検討する方法もあります。

7. 利益の配当

社員は、会社に対して利益の配当を請求することができます(会社法621条1項)。配当を請求する方法など、配当に関する事項は定款で定めることができます(同条2項)。

利益や損失を分ける割合は、定款に定めがなければ、各社員の出資の価額に応じて決まります(会社法622条1項)。裏を返すと、定款で、出資の額と違う割合を定めることもできます(株式会社の配当は、原則として株式の数に応じます。会社法454条3項)。

ただし、配当する額が、配当をする日の利益額を超える場合は、配当できません(会社法628条)。この決まりに反して配当をしたときは、配当の業務を行った社員が、配当を受けた社員と連帯して、会社に配当額を支払う義務を負います(会社法629条1項)。配当の割合や時期によっては税金の扱いも変わるため、顧問の税理士と相談しながら決めるとよいでしょう。

8. 株式会社との違い:任期・決算公告・計算書類

違いを表で比べます

項目合同会社株式会社
運営の決め方業務は社員(または業務執行社員)の過半数、定款の変更は総社員の同意が原則株主総会と取締役(取締役会)
役員の任期ない取締役は原則2年、公開会社でない会社は定款で10年まで延ばせる(会社法332条)
決算公告義務はない毎年、貸借対照表などの公告が必要(会社法440条)
計算書類の作成・保存必要(会社法617条)必要
配当の割合定款で出資の割合と違う割合も定められる(会社法622条)原則として株式の数に応じる(会社法454条3項)
休眠会社のみなし解散対象外最後の登記から12年たつと対象(会社法472条)

役員の任期がない

株式会社の取締役には任期があり、任期が来るたびに選任の手続きと役員変更(重任)の登記が必要です。合同会社の業務執行社員・代表社員には任期の決まりがないため、任期による登記はいりません。ただし、代表社員の交代や住所の変更など、登記事項が変わったときの登記は必要です(9章)。株式会社の役員変更については、次の記事をご覧ください。

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決算公告はないが、計算書類は作ります

合同会社には、株式会社のような決算公告の決まり(会社法440条1項)がありません。ただし、決算の書類を作らなくてよいわけではありません。成立の日の貸借対照表と、各事業年度の計算書類(貸借対照表・損益計算書・社員資本等変動計算書・個別注記表)を作り、10年間保存する義務があります(会社法617条、会社計算規則71条1項2号)。社員はいつでも計算書類を見ることができ(会社法618条)、会社の債権者も、作成から5年以内の計算書類の閲覧などを求めることができます(会社法625条)。

「みなし解散」はないが、登記の期限はあります

最後の登記から12年たった会社が解散したものとみなされる「休眠会社のみなし解散」は、株式会社についての制度で(会社法472条)、合同会社には当てはまりません。それでも、登記事項が変わったのに登記をしないままにしておくと、過料の対象になります(会社法976条1号)。

9. 登記が必要な変更と、2週間の期限

合同会社の登記事項

合同会社の登記簿には、目的、商号、本店・支店の所在場所、存続期間や解散の事由の定め、資本金の額、業務執行社員の氏名、代表社員の氏名と住所、代表社員が法人のときは職務執行者の氏名と住所、公告の方法などが載っています(会社法914条)。業務執行社員は氏名だけですが、代表社員は住所も載るため、代表社員が引っ越したときは住所の変更の登記が必要です。

主な変更の登記と登録免許税

変わったこと登記登録免許税(申請1件)
代表社員の交代・住所の変更、業務執行社員の加入・退社社員に関する事項の変更の登記1万円(資本金の額が1億円を超える会社は3万円)
本店の移転本店移転の登記3万円(他の登記所の管轄へ移るときは、旧所在地あて・新所在地あてで計6万円)
目的・商号などの変更登記事項の変更の登記3万円
資本金の額の増加資本金の額の変更の登記増えた額の0.7%(3万円に満たないときは3万円)

(登録免許税法 別表第一24号(一)カ・ヲ・ツ・ニ)

期限は2週間。遅れると過料の対象に

登記事項が変わったときは、2週間以内に、本店の所在地で変更の登記をしなければなりません(会社法915条1項)。登記を怠ったときは、業務執行社員などが100万円以下の過料の対象になります(会社法976条1号)。

兵庫県内に本店がある会社の登記は、神戸地方法務局(本局)が受け持っています。西宮支局では、登記事項証明書や印鑑証明書の交付、印鑑カードなどの事務を扱っていますが、会社の登記の申請は受け付けていません(神戸地方法務局の案内)。

本店移転の手続きと、登記が遅れた場合のリスクは、次の記事で説明しています。

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代表社員の住所は、登記簿に載ったままです

2024年10月1日から始まった、代表者の住所の一部を登記事項証明書に表示しない措置(代表取締役等住所非表示措置)は、法務省の案内では株式会社の代表取締役・代表執行役・代表清算人が対象とされ、合同会社の代表社員は挙げられていません。

10. 解散するとき

合同会社は、定款で定めた存続期間の満了や解散の事由の発生、総社員の同意、社員が欠けたこと、合併、破産手続開始の決定、裁判所の解散命令などによって解散します(会社法641条)。存続期間の満了・定款で定めた解散の事由・総社員の同意で解散した場合は、清算が終わるまでであれば、社員の全部または一部の同意で会社を続けることもできます(会社法642条1項)。

解散した後は、清算の手続きを経て、清算結了の登記で会社が閉じられます。清算の流れは、次の記事をご覧ください。

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11. 合同会社の運営チェックリスト

  1. 最新の定款を確かめる:業務・定款変更の決め方、配当の割合、相続人が持分を引き継ぐ定めがあるか(社員が1人の会社は特に)
  2. 登記簿と見比べる:業務執行社員・代表社員と、代表社員の住所が今のとおりか
  3. 計算書類を毎年作って保存する:作った時から10年間保存します
  4. 変わったら2週間以内に登記:代表社員の交代・住所、本店、目的、社員の加入・退社など

よくある質問

合同会社の「業務執行社員」と「代表社員」は、何が違いますか?

業務執行社員は、会社の業務を決めて行う社員です。代表社員は、その中から、会社を代表して契約などをする社員として定められた人です。定款で別の定めがなければ社員全員が業務執行社員で、代表社員を定めなければ業務執行社員がそれぞれ会社を代表します(会社法590条・599条)。

合同会社の定款の変更は、社員の過半数で決められますか?

定款に別の定めがなければ、総社員の同意が必要です(会社法637条)。設立のときなどに、定款で「過半数で変更できる」といった定めを置いていれば、その定めに従います。まず、今の定款にどう書かれているかを確かめましょう。

社員が辞めたいと言ってきました。出資金は返す必要がありますか?

退社した社員は、持分の払戻しを受けることができます(会社法611条)。払い戻す額は、出資した額そのままではなく、退社の時の会社の財産の状況によって計算します。払い戻す額が剰余金の額を超える場合は、官報公告などの債権者保護の手続きが必要です(会社法635条)。

合同会社には、役員の任期や決算公告がないというのは本当ですか?

本当です。業務執行社員・代表社員に任期の決まりはなく、株式会社のような決算公告の義務もありません。ただし、計算書類を毎年作って10年間保存する義務はあり(会社法617条)、会社の債権者は計算書類の閲覧を求めることができます(会社法625条)。

代表社員が引っ越しました。登記は必要ですか?

必要です。代表社員の住所は登記事項なので、住所が変わってから2週間以内に変更の登記をします(会社法914条7号・915条1項)。登録免許税は、資本金の額が1億円以下の会社なら1万円です。期限を過ぎると、過料の対象になることがあります。

まとめ

合同会社は、出資者である社員が、自分たちで業務を決め、会社を運営する会社です。原則として、業務は社員の過半数で、定款の変更は総社員の同意で決めます。代表社員や業務執行社員、配当の割合、社員が抜けたり亡くなったりしたときの扱いは、定款の定め方で大きく変わります。

役員の任期や決算公告がないぶん、手続きの負担は株式会社より軽くなりますが、計算書類の作成・保存や、登記事項が変わったときの2週間以内の登記は欠かせません。特に、社員が1人だけの会社は、相続のときに会社が解散しないよう、定款の定めを確かめておくことが大切です。

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出典・参考

  • 会社法 332条・440条・454条・472条・576条・578条・580条・590条〜595条・598条・599条・604条・606条〜608条・611条・617条・618条・621条・622条・625条・628条・629条・632条・635条・637条・641条・642条・860条・914条・915条・976条(e-Gov法令検索)
  • 会社計算規則 71条(e-Gov法令検索)
  • 商業登記法 93条・94条・118条(e-Gov法令検索)
  • 登録免許税法 別表第一 24号(一)(e-Gov法令検索)
  • 神戸地方法務局「不動産登記/商業・法人登記の管轄区域一覧」https://houmukyoku.moj.go.jp/kobe/table/shikyokutou/all.html
  • 法務省「代表取締役等住所非表示措置について」https://www.moj.go.jp/MINJI/minji06_00210.html
代表司法書士・行政書士 今井 康介

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